El Gobierno Autónomo Municipal de Guaqui se organiza para promover un desarrollo integral, coordinando de cerca con diversas organizaciones sociales y comunitarias. Liderado por el Alcalde, y con apoyo del Secretario Municipal y la Asesoría Legal, el municipio cuenta con direcciones clave en administración financiera, desarrollo humano y técnico, las cuales gestionan proyectos enfocados en el bienestar social y económico.

Además de su estructura administrativa, el Gobierno Municipal trabaja en estrecha colaboración con autoridades originarias de MACOWA, juntas vecinales y asociaciones locales. Esta coordinación con los sectores comunitarios permite atender de manera efectiva las necesidades de la población, integrando las voces y perspectivas de los diferentes grupos en la planificación y ejecución de iniciativas. Esta alianza fortalece el tejido social de Guaqui, consolidando al municipio como un modelo de participación ciudadana y desarrollo inclusivo en la Provincia Ingavi.